Každý ↗fon množiny fonů přiřazených k jedinému ↗fonému. A. jsou identifikovány distribuční analýzou množiny fonů. A. je tedy alofonem díky svému vztahu s ostatními alofony stejného fonému, své paralelnosti s jinými alofony dané množiny alofonů. A. tvoří množinu realizací daného fonému, jsou jeho variantami, fon je konkrétní objekt určený při ↗komutačním testu, foném je pak jejich invariantem; tento vztah je proporční ke vztahu mezi alomorfem, ↗morfem a ↗morfémem.

Z pohledu fonémů jsou jednotlivé a. distribuovány syntagmaticky v závislosti na kontextu, do kterého foném vstupuje. Tak např. foném /d/ se v č. realizuje v pozici před vokálem jako [d] (např. [hradem]) a v pozici před pauzou jako [t] (např. [hrat]). Distribuce obou a. je tedy závislá na okolí, je syntagmaticky distribuována. Takový a., který má nejobecnější distribuci, bez zjevného syntagmatického podmínění, je alofonem základním. Např. v č. se každý a. konsonantů mezi dvěma vokály považuje za základní, podobně u vokálů interkonsonantický a. je považován za základní.

Množiny a. různých fonémů se buď překrývají, n. nepřekrývají. Rozlišuje se několik případů vztahu mezi množinami a. a jím přiřazenými fonémy: triviálním případem je ten, kdy se foném realizuje pouze a jedině jediným a jedinečným a., takže vztah mezi nimi je bijektivní (tj. vzájemně jednoznačný), např. takový vztah mezi fonémem a fonem má v č. /j/ a [j] (typ A).

Poněkud odlišným příkladem je ten, kdy jeden foném je realizován více a., které nesdílí s jiným fonémem; v č. takovou množinu a. nepřekrývající se s množinou a. jiného fonému mají například /ř/ (množina a.: [ř, ř̭] v [řada] oproti [keř̭]) či /n/ (množina a.: [n, ŋ] ve [vana] a [vaŋka]) (typ B).

Překrývat se ale mohou množiny alofonů i tak, že jeden foném se realizuje jedním výlučným alofonem, jiný alofon sdílí s jiným fonémem, který ale zvláštní výlučný alofon nemá, např. v lat. /k/ se realizuje pouze alofonem [k] (psáno <c>, např. dīcō), stejným alofonem se před neznělou ale realizuje i foném /k^u̯/, který se ale v antevokalické pozici realizuje jako /k^u̯/ (psáno <qu>, např. coquō [kok^u̯o:] ale coctum, cōxī [koktum, ko:ksi:]) (typ C).

Typičtější příklad ale je množina a., která se zcela překrývá s množinou fonémů jiných: [t, d] jsou a. fonému /d/, ale i /t/; srov. [plodu] [plot] (oba pády od /plod/), ale také [plat] [pladba] (oba od kořene /√plat‑/) (typ D). Vztahy mezi alofony a fony lze znázornit i v následujícím grafu:

Zejména v č. konsonantickém systému je alofonie běžná, všechny č. obstruenty a /ř/ se podílejí na ↗archifonémové syntagmatické alternaci znělosti, nosovka /m/ a sonanty /r, l/ má interkonsonantický vokalický a., vyskytující se také mezi konsonantem a pauzou. Nosovky také mají alofony v lokaci. Č. vokály naopak alofonii příliš nepodléhají, z konsonantů pak je vůči alofonii imunní /j/.