Pravidelné střídání vybraných ↗fonémů, popř. skupin fonémů, na němž je založena ↗alomorfie. Různé hlásky (střídnice) někdy odpovídají jedinému ↗morfonému. Pravidelnost h.a. nespočívá v tom, že by označovaly typ změny funkce (kráva ~ krav × mráz ~ mrazu), ani v tom, že by jim podléhala všechna analogická slova (mráz ~ mrazu × sráz ~ srázu), nýbrž v tom, že v rámci systému jaz. se vyskytují opakovaně jisté typy alternujících dvojic a jiné nikoliv. Z hlediska distribuce alternace v rámci morfologického systému lze rozlišovat h.a. ryze morfologické (filolog ~ filolozích), které se vyskytují pouze v rámci systému ↗flexe, h.a. čistě slovotvorné (hrabat ~ hrob), k nimž dochází výhradně při tvoření slov, a h.a. vyskytující se jak ve flexi, tak ve slovotvorbě (jméno ~ jmen, kámen ~ kamének). H.a. se stávají součástí ↗slovotvorného formantu určitých slovotvorných typů. Z hlediska směru, kterým alternace probíhá, můžeme v č. rozlišit h.a. jednosměrné (Praha → Praze, vlahý → vlaze) a h.a. obousměrné (ch ↔ š: tichý → tiše, potěšit → potěcha). Z hlediska frekvence a produktivity se vydělují h.a. frekventované a produktivní (k~c~č: vlk ~ vlci ~ vlčí, a~á: napsat ~ nápis, hrad ~ hrádek, sledovat ~ sledován), řídké, ojedinělé a neproduktivní (a~í: začít ~ začal, žít ~ žatva, á~oj: bát ~ bojí, Ø~a: vØřít ~ vařit, Ø~ý, Ø~b: hýbat ~ hØØnout). Základním kritériem pro rozdělení h.a. je klasifikace alternujících hlásek (hláskových skupin): vydělujeme h.a. vokalické (mráz ~ mrazu, sníh ~ sněhu), h.a. konsonantické (ruka ~ ruce, mazat ~ maže) a h.a. smíšené (stát ~ stojí). Vokalické alternace jsou kvantitativní (mráz ~ mrazu), viz ↗alternace kvantity, kvalitativní (vejce ~ vajec), kvantitativně-kvalitativní (třást ~ třese), zánikové a vznikové (pes ~ pØsa, kapØsa ~ kapes), viz ↗alternace vokálů s nulou. Konsonantické alternace lze rozdělit na párové (slon ~ sloni), nepárové (matka ~ matce, splatit ~ splacen, doktor ~ doktoři), zánikové (hýbat ~ hØØnout), a skupinové (český ~ čeští, rozjezdit ~ rozježděn). Smíšené vokalicko-konsonantické alternace jsou ojedinělé (bát ~ bojím).

Do h.a. vstupují všechny č. vokály. Z konsonantů do h.a. nevstupují l a j (s výjimkou případů jako bát ~ bojím a sejme ~ sňal). Pro č. jsou typické kumulované řady h.a. (h~z~ž: drahý ~ drazí ~ dražší). H.a. se mohou vyskytovat ve všech typech morfémů: v prefixu (napadnout ~ nápad), v kořeni (klade ~ klaď ~ klást), v sufixu (medvídek ~ medvídØcích). K alternacím, které jsou svázány s morfologickými a slovotvornými kategoriemi, např. infinitivem (nést × nesu, nesl…) viz ↗templát; jiné alternace jsou řízeny fonologickými principy (např. kØ oknu × ke koši).