Jednak ↗foném uzavírající morfonologickou ↗alternaci, jednak tato paradigmatická alternace sama. Rozeznáváme jej tehdy, pokud dva či více ↗morfů jediného ↗morfému nejsou odlišeny v důsledku syntagmatické alternace, ale pokud tato alternace nese gramatický či derivační význam. Např. ↗ablautová alternace nes‑e ~ nos‑í není způsobena žádným lineárním spouštěčem, není tedy alternací syntagmatickou, navíc nese vidový protiklad. Obdobně paradigmatická morfonémová alternace je mezi hod ~ hoď, zde je rozdíl mezi substantivem dějovým a imperativem, v obou případech od stejného kořene. Jiným příkladem morfonémové alternace je alternace kvantity v prefixu: unese ~ únos, přinese ~ přínos, vynese ~ výnos, nanese ~ nános. Takovou alternací je i zániková alternace s nulou (nejčastěji mezi nulou a e, řidčeji i a nulou, srov. ↗alternace vokálů s nulou): ves ~ vsi, beru ~ brát, nápis ~ psát, dílem vzniklé po vokalizaci jerů podle ↗Havlíkova pravidla, dílem ↗ablautového původu.

Morfonémové alternace jsou v č. velmi časté, účastní se jich např. všechny vokály. Ty se obecně účastní (vedle zmíněné zánikové alternace) na ablautu (e ~ o ~ a/á: nese ~ nosí ~ ‑nášet, vede ~ vodí ~ svádět, slovo ~ slavit); na kvantitativní alternaci (a ~ á, u ~ ú, i/y ~ í/ý; e ~ é, o ~ ou; u ~ ou; e ~ í/ý, o ~ ú/ů: unese ~ únos, přinese ~ přínos, vynese ~ výnos, nanese ~ nános, oken ~ okénko, černoch ~ černoušek, kůň ~ koník, plech ~ plíšek, vzduch ~ vzdoušek). Morfonémové alternace jsou časté i u konsonantů, typická je proporční alternace mezi alveolárami a palatálami, labiálami a labiálou + j (náhradní „palatalizace“) a velárami a různými palatálami a frikativami (vzešlá z palatalizace velár a systematizovaná jako paradigmatická alternace): t ~ ť, d ~ ď, s ~ š, z ~ ž, n ~ ň, r ~ ř: lopata ~ lopatě, vada ~ vadě, prosit ~ prošený, hrozit ~ ohrožený, vana ~ vaně, pára ~ páře; p ~ pj, b ~ bj, f ~ fj, v ~ vj, m ~ mň: pípa ~ pípě, bába ~ bábě, lufa ~ lufě, máma ~ mámě; k ~ c ~ č, g ~ z ~ ž, x ~ š; h ~ z ~ ž: ruka ~ ruce ~ ručka, chirurg ~ chirurzi ~ chiruržka, moucha ~ muška, noha ~ noze ~ nožka. Specifická alternace (různého původu) je také mezi některými okluzívami a spirantami/afrikátami: t ~ c, ť ~ c, d ~ z, ď ~ z, h ~ c: telete – telecí, vyplatit – vyplácet, hovado ~ hovězí, hodit ~ házet, mohu ~ moc.

Pouze fonémy l a j se v č. nepodílejí na žádné morfonémové alternaci, alternování je tedy častější než nealternování.

Morfonémové alternace obecně vznikly paradigmatizováním původních syntagmatických alternací tak, že jejich funkce se oprostila od spouštěče a stala se prostředkem derivace a flexe.

Viz též ↗hlásková alternace.